Am Ort eines niedergerissenen mittelalterlichen festen Hauses ließ Johann von Boskowitz und Černá Hora, genannt „Schembera“, in den Jahren 1575 – 1585 ein durch italienische Villen inspiriertes Renaissanceschloss erbauen. Johann Schembera war das letzte männliche Mitglied dieses alten tschechischen Adelsgeschlechts. Seine zwei Töchter wurden mit Liechtensteinern verheiratet. Anna heiratete den ersten liechtensteinischen Fürsten Karl I. von Liechtenstein (1569 – 1627), Katharina seinen Bruder Maximilian (1578 – 1643). Die Liechtensteiner hatten noch einen Bruder, Gundakar (1580 – 1658).

Diese drei Bruder erwarben dank ihrer Konvertierung zum katholischen Glauben bedeutende Funktionen beim kaiserlichen Hof und beteiligten sich an der Verwaltung des zu rekatholisierenden Mährens. Von großer Bedeutung war der Familienvertrag aus dem Jahr 1606, wozu gerade Karl I. den Anstoß gab. Die Brüder haben sich auf der Aufteilung ihres Vermögens, seiner Verwaltung und dem Umfang der sog. unveräußerlichen Güter geeinigt, die nach dem Tod eines der Brüder an kein fremdes Adelsgeschlecht ausgeheiratet werden konnten, sondern im Besitz des Hauses Liechtenstein auch weiterhin bleiben sollten.

Die Verwaltung der Butschowitzer Herrschaft übernahm zuerst Maximilian, der sich in die Geschichte des Schlosses als Bauherr des manieristischen Brunnens im Arkadenhof des Schlosses einschrieb. Der Brunnen wurde vom Architekten Giovanni Giacomo Tencalla entworfen, der für Maximilian außer in Butschowitz noch am Umbau des Schlosses Rabensburg in Niederösterreich arbeitete und sich am Umbau des Schlosses Eisgrub beteiligte.

Maximilian hatte das Schloss Butschowitz außerdem mit Türmen versehen und diese mit Laternen aus Metall überdachen lassen, die jedoch aufgrund ihres Gewichtes die Statik des Schlosses störten und später (wahrscheinlich im Jahr 1704) abgenommen werden mussten.

Kurz nach dem Tod kinderlos gestorbenen Maximilians übernahm das Schloss sein Neffe Karl Eusebius (1611 – 1684), der Sohn Karls I. Dieser interessierte sich im Gegensatz zu seinem Onkel und Vater nicht allzu sehr für die Politik. Er war bemüht, die während des Dreißigjährigen Krieges, der nicht einmal das Schloss Butschowitz mied, schwer beschädigten Vermögen zu konsolidieren. 1645 soll das Schloss einem Angriff einer schwedischen Truppe widerstehen haben. Das Schloss wurde damals von liechtensteinischen Jägern und Beamten und Butschowitzer Stadtbürgern verteidigt. Es ist allerdings nicht ganz klar, was sich damals abspielte, ob es zu einem breit angelegten Direktangriff auf das Schloss, oder umgekehrt zu einem hinterlistigen überraschenden Überfall und der Vernichtung einer schwedischen Versorgungstruppe kam. Die Schweden belagerten damals Brünn und entsandten ihre Truppen in breite Umgebung der Stadt, um den Proviant zu ergänzen.
Am Ende seines Lebens veränderte Karl Eusebius den Zweck des Schlosses. Anstatt eines repräsentativen Sitzes wurde hier ein Verwaltungszentrum der Herrschaftsverwaltung errichtet. Johann Adam Andreas von Liechtenstein (1657 – 1712), der Sohn Karls Eusebius, hinterließ in der Schlossgeschichte keine bedeutende Spur. Sein Vater hatte ihm erhebliche Schulden vererbt und er richtete seine Aktivitäten auf das Schloss Plumenau. Auch Johann Adam ist kinderlos gestorben. Durch seinen Tod starb der sog. Karl'sche und durch den Tod seines Onkels Maximilian bereits früher der Maximilian'sche Zweig der Liechtensteiner aus. Als letzte von den Zweigen blieb die Gundakar'sche Linie, deren Nachkommen bis heute leben. Die Mitglieder dieses Zweiges griffen allerdings in die Ausgestaltung des Schlosses nicht wesentlich ein. Nur in den 20er Jahren des 18. Jahrhunderts entstand dort der Sitz der liechtensteinischen Buchhalterei.

Erwähnenswert sind jedoch die vom Fürsten Alois I. Josef (1759 – 1805) vorgenommenen Baumaßnahmen. Er ließ die Schlossbefestigung schrittweise niederreißen und führte die Kanzleien der Buchhalterei aus Wien und Feldsberg in Butschowitz zusammen. Die Anpassungen der Büroräume und Wohnungen wurden 1796 von Josef Hardtmuth, dem Erfinder der künstlichen Bleistiftmine, des künstlichen Bimsteines und des sog. Wiener Steinguts, entworfen. Es handelte sich jedoch nicht nur um diese Maßnahmen. Der Fürst Alois soll von den Arkaden so beeindruckt gewesen sein, dass er sie nach Wien übertragen wollte, wo sich Hardtmuth damals an einem Umbau des Palais Liechtenstein beteiligte. Josef Hardtmuth musste dem Fürsten diesen Wunsch ausreden. Von den Arkaden ist nämlich die Dachstuhlkonstruktion des Schlosses abhängig und würden diese fehlen, würden der ganze Dachstuhl sowie auch das Gebäude zusammenbrechen.

Während des 19. Jahrhunderts erkannte das Schloss keine wesentlichen Veränderungen, es war hier auch weiterhin die Buchhalterei tätig. Erst 1924 entstand die Zentraldirektion der Liechtensteinischen Güter in Olmütz, welche die einzelnen Kanzleien ersetzte. Im Schloss Butschowitz wurden dadurch schrittweise die benötigten Räumlichkeiten frei. Zu jener Zeit befanden sich im Schloss außer den Kanzleien und dem Archiv auch Sammlungen des Museumsvereins in Butschowitz, die immer größer wurden, sodass der Verein um die Freimachung weiterer Räume ersuchte.

Am Vorabend des Zweiten Weltkrieges wurde in einem der Stockwerke des Südflügels eine Wohnung für den letzten Schlossbesitzer Alois von Liechtenstein errichtet. Es geschah unter der Aufsicht des damaligen Denkmalschutzinstituts, der die Zerstörung der authentischen Renaissancearchitektur befürchtete.

Der Zweite Weltkrieg stellte eine gewisse Gefahr für das Schloss dar. Im Jahr 1943 verliefen Verhandlungen über das Auftragen eines grünen Anstriches, der das ganze Schloss maskieren sollte. Die liechtensteinische Verwaltung verteidigte sich erfolgreich gegen diese Anordnung, indem sie auf den unlängst renovierten Verputz hingewiesen hatte.

Etwa zur gleichen Zeit entschied Alois, dass im Schloss ein Depositorium errichtet wird. Es sollten hier schrittweise wertvolle, durch militärische Operationen bedrohte Gegenstände versammelt werden. Angesichts der Lage des Schlosses auf dem Lande, inmitten von Wäldern, ohne große Fabriken in der Umgebung, hat man vorausgesetzt, dass hier nicht bombardiert wird. Allerdings konnte man im Frühjahr 1944, als die sowjetischen Truppen die polnische Grenze überschritten, nicht nur die Frontankunft, sondern auch politische Änderungen erwarten. Aus dem Grund wurde das wertvolle Mobiliar nach Österreich und anschließend nach Vaduz evakuiert.

Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde das Schloss den Liechtensteinern vom tschechoslowakischen Staat auf Grundlage der sog. Beneš-Dekrete beschlagnahmt.